Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI được triệu tập vào ngày 15 tháng 12 năm 1986 và kéo dài đến ngày 18 tháng 12 cùng năm.[22] Đại hội tái khẳng định cam kết đối với chương trình đổi mới của Hội nghị lần thứ 8 Ban Chấp hành Trung ương khóa V, và đưa ra yêu cầu cần phải tăng sản xuất thực phẩm, hàng tiêu dùng và các mặt hàng xuất khẩu; tiếp tục nỗ lực kiểm soát tiểu thương và thương mại tư bản tư nhân, trong khi khẳng định tính tất yếu khách quan của sự tồn tại nền kinh tế nhiều thành phần; tái cơ cấu bộ máy hành chính nhà nước, xoá bỏ chế độ tập trung quan liêu bao cấp, tăng cường hiệu quả hệ thống quản lý kinh tế; làm rõ quyền hạn và thẩm quyền của chính phủ, và tổ chức lại bộ máy quản lý nhà nước hoạt động hiệu quả hơn; nâng cao năng lực tổ chức đảng, năng lực lãnh đạo và đào tạo cán bộ.[22]

Trong Báo cáo chính trị trình Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI ngày 15 tháng 12, Trường Chinh cho rằng Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Hội đồng Bộ trưởng phải chịu trách nhiệm về những bất cập của nền kinh tế Việt Nam.[22] Bản báo cáo có vai trò như một bản tự phê bình nghiêm khắc của ban lãnh đạo trung ương đảng.[24][25] Những thất bại của ban lãnh đạo được nhắc lại bởi một loạt người tham dự Đại hội, trong đó có Nguyễn Văn Linh, Nguyễn Thanh Bình và Võ Trần Chí.[24]

Trong khi ủng hộ sự thay đổi, Báo cáo Chính trị khẳng định giữ vững các nguyên tắc tổ chức và sinh hoạt trong Đảng.[24] Nguyên tắc tập trung dân chủ vẫn không thay đổi và hệ thống quản lý tập trung của nhà nước đối với một số ngành nghề cũng sẽ được duy trì.[24] Nghị quyết của Đại hội VI, trình trước Đoàn Chủ tịch Đại hội đại biểu toàn quốc trong phiên họp kín ngày 18 tháng 12, thừa nhận tầm quan trọng của việc tiến hành từng bước chuyển đổi công thương nghiệp tư nhân; khẳng định hiệu lực của các hợp đồng kinh tế giữa các đơn vị sản xuất kinh doanh; công nhận sự kiểm soát của nhà nước đối với vật tư và hàng hoá do các xí nghiệp quốc doanh sản xuất; và ủng hộ việc tiếp tục các chính sách phân phối lao động. Về cơ bản, Đảng chấp nhận sự cần thiết phải thay đổi, nhưng vẫn kiên quyết duy trì các đường nét tổng thể của nền kinh tế sau Giải phóng.[24] Các mục tiêu trước mắt của ban lãnh đạo đảng được đề ra trong Báo cáo chính trị là: "Bố trí lại cơ cấu sản xuất, điều chỉnh lớn cơ cấu đầu tư"; "Xây dựng và củng cố quan hệ sản xuất xã hội chủ nghĩa, sử dụng và cải tạo đúng đắn các thành phần kinh tế"; "Đổi mới cơ chế quản lý kinh tế"; "Phát huy mạnh mẽ động lực khoa học, kỹ thuật"; "Mở rộng và nâng cao hiệu quả kinh tế đối ngoại".[23]

Bản Báo cáo chính trị và các bài phát biểu tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI của Đảng Cộng sản Việt Nam không cho thấy những thay đổi trong chính sách đối ngoại của Việt Nam.[26] Đại hội tái khẳng định mối quan hệ bền chặt của Việt Nam với Liên Xô và "mối quan hệ đặc biệt" với các nước xã hội chủ nghĩa là Lào và Kampuchea (Campuchia).[27] Tuy nhiên, Đại hội nhấn mạnh sự cần thiết phải tăng cường mối quan hệ với các nước thuộc Hội đồng Tương trợ Kinh tế.[27] Yegor Ligachev, trưởng phái đoàn Liên Xô tham dự Đại hội, đã gây bất ngờ cho Việt Nam và nhiều nhà quan sát nước ngoài khi công bố gói viện trợ kinh tế 8–9 tỷ rúp (11–13 tỷ đô la Mỹ) vào thời điểm đó.[27] Báo cáo Chính trị cũng đề cập đến tầm quan trọng của quan hệ Việt Nam với Ấn Độ và tầm quan trọng của việc tiếp tục tham gia vào của Phong trào không liên kết.[27] Đại hội thể hiện mong muốn của Việt Nam trong tăng cường và mở rộng quan hệ hữu nghị với Thụy Điển, Phần Lan, Pháp, Úc, Nhật Bản và với các nước phương Tây khác trên cơ sở bình đẳng và cùng có lợi.[28][29]

Võ Văn Kiệt, Phó Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, trình bày Báo cáo về phương hướng, mục tiêu chủ yếu phát triển kinh tế – xã hội trong năm năm (1986–1990) trình Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI.[30] Các báo cáo chính trị và kinh tế nhấn mạnh đến chính sách Đổi Mới. Chuyên gia Carlyle Thayer viết rằng Võ Văn Kiệt có thể là người tiên phong trong việc ủng hộ khái niệm về cải cách và mở cửa.[30] Trong bài phát biểu trước Đại hội, Võ Văn Kiệt nói, "Trong lĩnh vực kinh tế, đó là chuyển hướng về bố trí cơ cấu kinh tế, cơ cấu đầu tư, đổi mới các chính sách kinh tế và cơ chế quản lý, nhằm khai thác mọi tiềm năng của đất nước, giải phóng năng lực sản xuất, tăng nhanh sản phẩm xã hội, thực hiện mục tiêu ổn định tình hình kinh tế – xã hội, ổn định và cải thiện đời sống nhân dân."[31] Võ Văn Kiệt cho rằng nông nghiệp chứ không phải công nghiệp nặng sẽ là quan trọng nhất trong những năm sắp tới.[32] Trong bản báo cáo, Võ Văn Kiệt khẳng định, "Công nghiệp nặng, trong bước này, hướng trước hết và chủ yếu vào phục vụ nông nghiệp, công nghiệp nhẹ với quy mô và trình độ kỹ thuật thích hợp"[31] Bản báo cáo cũng nhấn mạnh vai trò của xuất khẩu và sản xuất lương thực – thực phẩm, hàng tiêu dùng đối với phục hồi nền kinh tế Việt Nam.[32][33] Mục tiêu phấn đấu là sản xuất 22–23 triệu tấn lương thực vào năm 1990.[25][31] Trong khi các nhà chức trách có thể đạt được các mục tiêu này bằng nhiều cách khác nhau, các biện pháp khuyến khích vật chất và hợp đồng thành phẩm sẽ đóng một vai trò quan trọng.[32]

Theo Báo cáo Kinh tế, việc tăng sản lượng ngũ cốc và lương thực sẽ làm tăng sản xuất hàng tiêu dùng.[32] Báo cáo cho biết các chính sách này nhằm đảm bảo nhu cầu hàng ngày của người dân, tái tạo lực lượng lao động cũng như thu hút hàng triệu lao động để giải quyết vấn đề việc làm cho người dân, và trên cơ sở đó, tạo ra nguồn tích lũy và nguồn xuất khẩu quan trọng.[32] Báo cáo Kinh tế cũng đặt ra mục tiêu tăng nhanh khối lượng xuất khẩu, mức xuất khẩu phải tăng khoảng 70% so với 5 năm trước, dựa vào các mặt hàng chính là "nông sản và nông sản chế biến, hàng công nghiệp nhẹ và tiểu, thủ công nghiệp, thủy sản".[3][31] Báo cáo cũng chỉ ra rằng để đạt được những mục tiêu này, cần phải cải cách kinh tế, nâng cao hiệu quả (của hệ thống kinh tế). Bản báo cáo cũng đề cập đến tầm quan trọng tầm quan trọng của đầu tư nước ngoài và tiềm năng du lịch.[32][34]

Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương khoá VI.[35] Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 4, 5 và 6, khoảng 45% Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam được giữ lại, 18% các đảng viên được đề bạt từ Ủy viên dự khuyết Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam lên Ủy viên chĩnh thức, và 37% được bầu lần đầu vào Ủy ban Trung ương với tư cách ủy viên chính thức hoặc dự khuyết.[35] Đại hội VI tiếp tục xu hướng tăng quy mô của Ban Chấp hành Trung ương; số thành viên chính thức là 124 và số thành viên dự khuyết là 49.[1][36] Hầu hết các cán bộ mới trong Ban Chấp hành Trung ương thuộc thế hệ thứ hai của những nhà cách mạng Việt Nam, những người nổi lên trong cuộc đấu tranh chống thực dân Pháp những năm 40 và 50 của thế kỷ 20.[26] Thành phần của Ủy ban Trung ương cũng đã thay đổi, với sự gia tăng đáng kể của các chuyên gia kinh tế, nhà kỹ trị và bí thư tỉnh ủy, nhưng tỷ lệ quân nhân lại giảm.[26] Chỉ 8% Ban Chấp hành Trung ương khóa VI thuộc Quân đội nhân dân Việt Nam.[26] Số lượng quan chức cấp trung ương cũng giảm; 74% thành viên của Ban Chấp hành Trung ương khóa II là cán bộ cấp trung ương, trong khi chỉ có 46% Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương khóa VI là cán bộ trung ương.[26] Những thay đổi này phản ánh ưu tiên của Đảng đối với các vấn đề cơ bản của bộ máy hành chính.[26]

Hội nghị lần thứ nhất Ban Chấp hành Trung ương khóa VI

Vào ngày 18 tháng 12 năm 1986, các đại biểu đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương khóa VI,[24] gồm 8 thành viên nhiều hơn Ban Chấp hành Trung ương khoá V, trong khi số thành viên dự khuyết tăng thêm 13. Như vậy, tổng số ủy viên Ban Chấp hành Trung ương khóa mới là 173.[24] Sau khi kỳ họp bế mạc, Ban Chấp hành Trung ương khóa VI đã triệu tập Hội nghị lần thứ nhất để bầu thành phần Bộ Chính trị khóa VI, Ban Bí thư khóa VI Ủy ban Kiểm tra và các các cơ quan đảng cấp trung ương.[24]

Hội nghị lần thứ nhất Ban Chấp hành Trung ương khóa VI đánh dấu dự thay đổi tư duy từ lãnh tụ hết đời sang tư duy lãnh đạo theo nhiệm kỳ.[35] Đây có thể coi là sự thay đổi nhân sự lớn nhất trong lịch sử 56 năm của Đảng.[37][38] Ngày 17 tháng 12, ba lãnh đạo cao nhất – Trường Chinh, Lê Đức Thọ – và người đứng đầu chính phủ Phạm Văn Đồng, tuyên bố từ chức và sẽ không ứng cử Bộ Chính trị khóa VI hoặc Ban chấp hành Trung ương khóa VI.[39][37] Tuy nhiên, ba người này đã được bổ nhiệm vào Hội đồng cố vấn Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.[2][37] Điều này không hẳn là mới; tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ V, sáu Ủy viên của Bộ Chính trị khóa V đã từ chức.[35] Khi được các nhà báo nước ngoài hỏi liệu mô hình tương tự có tiếp tục hay không, một phát ngôn viên của đảng nói rằng nó sẽ tiếp tục tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI.[35] Văn Tiến Dũng, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, đã nghỉ hưu khỏi Bộ Chính trị nhưng vẫn giữ ghế trong Ban Chấp hành Trung ương khóa VI.[35] Hội nghị lần thứ 1 bầu Nguyễn Văn Linh kế nhiệm Trường Chinh làm Tổng Bí thư.[2][29][40]